Оренбургский военный госпиталь основан 1 июня 1744 г. (Указ Императрицы Екатерины II № 13463 Полное собрание законов Российской империи Т-19 1970 г.) (Протокол № 1 заседания комиссии созданной решением Военного Совета ЮЖУРВО по истории госпиталя НКО № 359 г. Чкалов 9 мая 1944 г.).

Окончательно госпиталь был выстроен и сформирован по новому штату к 1818 г. (полное собрание законов Российской империи № 23606 – 1809 г., № 10565 – 1818 г.). Госпиталь долгое время, вплоть до открытия городской больницы в 1857 г., являлся единственным медицинским учреждением в городе, оказывающем медицинскую помощь. В 1895 году в госпитале была освещена домовая церковь во имя Николая Чудотворца.

С 1949 г. госпиталь являлся окружным госпиталем Южно-Уральского военного округа окружной ВГ № 359 (Приказ по Южно-Уральскому военному округу от 10 августа 1949 г. № 08).

В 1961 г. Оренбургскому военному госпиталю присвоено условное наименование войсковая часть 52236. В 1995 и 2000 г.г. он действовал в составе госпиталей, оказывающих специализированную помощь раненым в контртеррористической операции в Чечне и на Северном Кавказе. Находилось на излечении более 500 военнослужащих.

С 01 января 2018 г. учреждение именуется: филиал №3 Федерального государственного бюджетного учреждения «426 военный госпиталь» Министерства обороны Российской Федерации.

1 июня 2019 г. госпиталю исполнилось 275 лет.