Отделение функциональной диагностики осуществляет:- Объективную, с помощью инструментальных методов, оценку состояния сердечно-сосудистой системы, органов дыхания и нервной системы в покое, при физических и фармакологических пробах, с целью:
 
- диагностики заболеваний, определения степени функциональных расстройств указанных органов и систем;
 - контроля за эффективностью проводимых лечебных и реабилитационных мероприятий;
 - подбора медикаментов;
 - определения физического состояния и степени тренированности организма у здоровых военнослужащих, проходящих военно-врачебную экспертизу и углублённое медицинское обследование.
 
- Освоение и внедрение в практику современных методов функциональной диагностики.
 - Анализ эффективности применяемых методов исследования, выработка рекомендаций лечащим врачам по их рациональному использованию в лечебно-диагностической работе.
 - Использование в практике новых, современных, наиболее информативных способов диагностики, рациональное расширение перечня методов исследования.
 
Отделение расположено на 1 этаже лечебного корпуса №2.